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生物科技的下個(gè)10年:RNA藥物“王者歸來(lái)”

引言

今年9月份的藥品集采中,降脂藥物阿托伐他汀競(jìng)爭(zhēng)激烈。未中標(biāo)藥企就地解散銷(xiāo)售隊(duì)伍的消息震動(dòng)業(yè)界。

試想,如果有一天,病人只需要每半年打一針,既不需要吃藥,也不需要節(jié)食,就能維持正常的體重和血脂。到那一天,現(xiàn)有的降脂藥物可能被淘汰,那又將是怎樣一番景象。隨著RNA藥物Inclisiran三期臨床的成功,這一天也許就在眼前了。

Inclisiran是由Alnylam開(kāi)發(fā)后轉(zhuǎn)讓給The Medicines Company的一款靶向PCSK9的小干擾核酸(siRNA)藥物。PCSK9是人體變異自證的降脂靶點(diǎn),已有兩款單抗藥物批準(zhǔn)上市。單抗藥物主要是通過(guò)抑制PCSK9蛋白與肝臟中低密度脂蛋白受體(LDLR)的結(jié)合發(fā)揮降脂作用,需要每月注射;而Inclisiran直接降解PCSK9的信使RNA,抑制PCSK9蛋白合成,只需每半年注射一次。多個(gè)臨床試驗(yàn)表明,Inclisiran降脂效果優(yōu)于單抗,且副作用與安慰劑相當(dāng)(1)。其療效和安全性如果在大規(guī)模人群中得到驗(yàn)證,極有可能帶來(lái)降脂的革命性療法,甚至實(shí)現(xiàn)在健康人群中模擬PCSK9變異,預(yù)防與高血脂相關(guān)的慢性疾病。正是如此,諾華先下手為強(qiáng),已于11月25日宣布97億美元并購(gòu)The Medicines Company,將Inclisiran納入囊中。

早在2018年8月,F(xiàn)DA就批準(zhǔn)了第一個(gè)siRNA藥物Patisiran,用于治療神經(jīng)退行性疾病hATTR變性;2019年11月20日,又批準(zhǔn)了用于治療急性肝卟啉癥(AHP)的第二個(gè)siRNA藥物Givosiran。他們都是由Alnylam的siRNA技術(shù)平臺(tái)研發(fā)成功的罕見(jiàn)病藥物。使用脂質(zhì)納米顆粒(LNP)技術(shù)遞送的Patisiran副作用比較明顯,注射前需要使用抗組胺藥物和激素預(yù)防過(guò)敏反應(yīng)。Givosiran和Inclisiran使用的則是更加安全的GalNAc偶聯(lián)技術(shù)。

Inclisiran如果最終獲批,標(biāo)志著siRNA藥物進(jìn)入對(duì)安全性要求高,但市場(chǎng)更大的慢病領(lǐng)域。命運(yùn)多舛的RNA藥物將真正迎來(lái)“王者歸來(lái)”的高光時(shí)刻。

RNA藥物的發(fā)展歷程

RNA很長(zhǎng)一段時(shí)間被認(rèn)為只是在基因與蛋白質(zhì)之間傳遞信息的分子。其實(shí)在生命起源之初,RNA才是唯一的生命分子,既可儲(chǔ)存信息,也具有酶的功能。億萬(wàn)年的進(jìn)化和演變,才產(chǎn)生了DNA和蛋白分子(2)。毫不奇怪,RNA除了充當(dāng)?shù)鞍缀铣傻男攀梗╩RNA)外,還具有非常重要的調(diào)控功能,這樣的非轉(zhuǎn)錄RNA包括miRNA, siRNA,lncRNA,piwiRNA等等。其中,僅miRNA分子就有400多種,調(diào)控至少三分之一的人類基因。自1953年Watson-Crick發(fā)現(xiàn)DNA雙螺旋結(jié)構(gòu),人們就產(chǎn)生了根據(jù)核酸包含的遺傳信息和堿基配對(duì)規(guī)律實(shí)現(xiàn)“程序化”制藥的夢(mèng)想。

在追求這個(gè)夢(mèng)想過(guò)程中,RNA藥物起步最早,種類包括反義核酸(ASO),小干擾核酸(siRNA),適配體(aptamer),核內(nèi)小核酸(snRNA),信使RNA(mRNA)等5種。最近有人將基因編輯工具比如GRISPR-Cas9包含的RNA分子也歸于RNA藥物之列。這樣,RNA藥物就可以全面覆蓋DNA,RNA和蛋白質(zhì)三大靶點(diǎn)類型。U1snRNA和基因編輯處于非常早期,下面以ASO,siRNA,aptamer和mRNA為重點(diǎn),簡(jiǎn)單介紹RNA藥物的發(fā)展歷程。

1)反義核酸(ASO)藥物

1978年,哈佛大學(xué)科學(xué)家Zamecnik等人使用配對(duì)的核酸分子抑制RNA病毒的復(fù)制,第一次提出了反義核酸(ASO)的概念(3)。

當(dāng)時(shí)的想法比較簡(jiǎn)單,就是通過(guò)堿基配對(duì),封堵DNA或者RNA的翻譯和轉(zhuǎn)錄。超出人們預(yù)期的是,ASO還可以招募RNase酶降解mRNA,干擾pre-mRNA的剪接,甚至還可以間接增強(qiáng)某些蛋白的表達(dá)。這些功能都可以被利用,設(shè)計(jì)針對(duì)各種靶點(diǎn)的ASO藥物,比如最近獲批的藥物Nusinersen和Eteplirsen就是通過(guò)調(diào)控RNA剪接發(fā)揮作用。

目前已有7款A(yù)SO藥物被批準(zhǔn)上市,兩款由Sarepta開(kāi)發(fā)外,其余都來(lái)自ASO藥物的領(lǐng)先公司Ionis(表1)。

表1.上市的ASO藥物

反義核酸藥物一路走來(lái),道路并不平坦。1998年,Ionis的第一款藥物Fomivirsen批準(zhǔn)上市,用于治療艾滋病人的眼部CMV病毒感染。因?yàn)榭笻IV藥物的快速發(fā)展,CMV感染的艾滋病人急劇減少,F(xiàn)omivirsen最終退出市場(chǎng)。時(shí)隔14年,Ionis推出治療家族性高血脂的APOB反義核酸藥物Mipomersen??上?,由于肝毒性和流感癥狀,先是被歐洲拒絕批準(zhǔn),后來(lái)美國(guó)市場(chǎng)也被小分子藥物L(fēng)omitapide取代,商業(yè)上又是一敗涂地。2016年,Sarepta開(kāi)發(fā)的Eteplirsen是在DMD患者苦求下獲批的,被認(rèn)為療效證據(jù)不足,許多商業(yè)保險(xiǎn)機(jī)構(gòu)拒絕報(bào)銷(xiāo),市場(chǎng)前景可想而知。

好在Ionis屢敗屢戰(zhàn),最近相繼推出治療SMA的藥物Nusinersen, hATTR變性藥物Inotersen,以及治療家族性高乳糜微粒血癥(FAC)的藥物Volanesorsen。其中至少Nusinersen曾經(jīng)因?yàn)榀熜锰崆爸兄古R床試驗(yàn),Inotersen則面臨副作用更小的siRNA藥物Patisiran的強(qiáng)勁競(jìng)爭(zhēng)。靶向APOC3的藥物Volanesorsen與諾華合作,在心血管領(lǐng)域已進(jìn)入二期臨床,能否與Inclisiran匹敵,讓人期待。就在昨天,F(xiàn)DA又批準(zhǔn)了Sarepta的第二款DMD藥物Golodirsen上市。

當(dāng)前,全球有超過(guò)50個(gè)ASO藥物處于臨床研究階段,治療領(lǐng)域覆蓋中樞神經(jīng)系統(tǒng),心血管,抗感染和腫瘤等。曾經(jīng)被逼改名的Ionis注定成為未來(lái)的巨星,目前管線中擁有5個(gè)三期,16個(gè)二期,5個(gè)一期產(chǎn)品。其中一款治療糖尿病的二期產(chǎn)品GCGR反義核酸的中國(guó)權(quán)益轉(zhuǎn)讓給了國(guó)內(nèi)小核酸領(lǐng)軍企業(yè)瑞博生物。

2)小干擾核酸(siRNA)藥物

RNA藥物真正引起制藥界的重視,是因?yàn)橹Z獎(jiǎng)成果RNAi的發(fā)現(xiàn)。1990年,美國(guó)亞利桑那大學(xué)的植物學(xué)家Jorgensen希望培育五顏六色的牽?;?,于是嘗試將深紫色的色素基因插入到植物當(dāng)中。讓人意想不到的是,他只得到了不含色素的白花,檢查發(fā)現(xiàn)色素基因的表達(dá)大大降低了。這個(gè)現(xiàn)象讓人百思不得其解,因此Jorgensen等人提出了一個(gè)所謂基因“共抑制”概念。

后來(lái),Ambrose和Kemphues等科學(xué)家發(fā)現(xiàn)RNA可以抑制基因的表達(dá),即所謂的RNA干擾現(xiàn)象(RNAi)。1998年AndrewFire和CraigMello 揭示了RNAi的工作機(jī)制(5)。

RNAi現(xiàn)象其實(shí)是一種降解mRNA的后轉(zhuǎn)錄基因沉默(PTGS)。雙鏈RNA在胞質(zhì)中可以被核酸內(nèi)切酶Dicer切割成多個(gè)小片段(21~23 bp,即siRNA)。siRNA再與體內(nèi)解旋酶等結(jié)合形成沉默復(fù)合物(RNA-induced silencing complex,RISC)。RISC誘導(dǎo)降解與siRNA中反義鏈互補(bǔ)結(jié)合的mRNA。RNAi現(xiàn)象高度保守,陸續(xù)發(fā)現(xiàn)于多種真核生物中。之前提到了植物中的基因共抑制也是因?yàn)槿斯まD(zhuǎn)錄基因過(guò)程中意外產(chǎn)生的siRNA所介導(dǎo)的干擾現(xiàn)象。

RNAi的特異,高效和簡(jiǎn)便性使得siRNA迅速成為最流行的基因調(diào)控工具。2001年,RNAi技術(shù)被《科學(xué)》雜志評(píng)為2001年的十大科學(xué)進(jìn)展之一。2002年斯坦福大學(xué)的Mark Kay在Nature上發(fā)文證明人工合成的siRNA可以在小鼠上有效敲低目標(biāo)基因的表達(dá),這讓制藥界意識(shí)到siRNA在臨床應(yīng)用的可能性。2003年,RNAi被美國(guó)財(cái)富雜志稱為價(jià)值億萬(wàn)美金的生物科技突破。這一年,正值DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)50周年,還發(fā)生了一件里程碑事件:人類基因組項(xiàng)目宣布完成。后基因組時(shí)代和RNAi技術(shù)的突破,讓人們覺(jué)得“程序化”制藥的夢(mèng)想即將實(shí)現(xiàn)。

先前成立的,擁有大量專利的siRNA生物科技公司Alnylam和Sirna迅速成為跨國(guó)公司眼里的香餑餑。siRNA藥物的第一次繁榮在2006年達(dá)到高潮:當(dāng)年的諾貝爾生理或醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)?lì)C給了發(fā)現(xiàn)RNAi的Fire和Mello;默沙東用11億美金收購(gòu)了Sirna;武田,羅氏和諾華紛紛與Alnylam簽署巨額合同。

可惜好景不長(zhǎng),在隨后的幾年內(nèi)siRNA藥物由于遞送和免疫反應(yīng)的問(wèn)題屢遭挫折。2010年,先是諾華和羅氏中止與Alnylam的合作,隨后輝瑞和雅培中止了自己的RNA項(xiàng)目。默沙東堅(jiān)持多年,于2014年將Sirna以低于原收購(gòu)價(jià)20%的價(jià)格賣(mài)給了Alnylam。這些動(dòng)作被媒體放大后,業(yè)界普遍認(rèn)為siRNA只能作為研究工具,成藥的希望渺茫。

具有諷刺意味的是,大公司放棄這些資產(chǎn)時(shí),正是siRNA技術(shù)取得突破并重新崛起的時(shí)候。比如2010年加州理工大學(xué)的一項(xiàng)研究證明siRNA人體有效,并能夠進(jìn)入腫瘤組織(7)。2013年,Alnylam公司在新英格蘭雜志上發(fā)表了patisiran安全有效的臨床數(shù)據(jù)(8)。當(dāng)然也有慧眼,Arrowhead從2011年到2015年借機(jī)收購(gòu)了大量別人放棄的RNA資產(chǎn)。Alnylam和Dicerna等公司也沒(méi)有放棄,通過(guò)裁員等措施度過(guò)了最艱難的時(shí)期。

在Alnylam等公司的努力下,siRNA藥物目前已有兩個(gè)上市,至少5個(gè)處于三期,9個(gè)二期,8個(gè)一期(表2)。自2018年起,大公司又開(kāi)始大肆收購(gòu)siRNA資產(chǎn),代表性Deal如表3所示,預(yù)示著siRNA藥物迎來(lái)了第二次浪潮。

表2:上市和處于三期的siRNA藥物

表3:最近的siRNA Deals

3)核酸適配體藥物(Aptamer)

在RNA藥物里,Aptamer算是一個(gè)異類。因?yàn)樗麄儾皇峭ㄟ^(guò)堿基配對(duì)來(lái)發(fā)揮作用,而是類似于蛋白質(zhì),依靠自身的三維結(jié)構(gòu)與配體結(jié)合。

1990年8月份,美國(guó)Colorado大學(xué)和麻省總醫(yī)院的科學(xué)家分別在Science和Nature發(fā)表文章,顯示通過(guò)體外進(jìn)化和篩選,可以得到與目標(biāo)分子緊密結(jié)合的RNA分子,親合力和特異性與單抗相當(dāng)(9,10)。

他們把這個(gè)篩選過(guò)程叫做”Systematic Evolution ofLigands by Exponential Enrichment(SELEX)”。而Aptamer這個(gè)名字則是來(lái)自拉丁文字“aptus”,意思是“to fix”,中文翻譯成適配體。

SELEX符合適者生存的進(jìn)化原理,RNA文庫(kù)與靶標(biāo)孵育一定時(shí)間后,未結(jié)合的分子被移除,而結(jié)合的分子洗脫后經(jīng)RT-PCR擴(kuò)增形成新的化合物庫(kù),重復(fù)上述過(guò)程,經(jīng)過(guò)8-20輪篩選,一般能得到高特異性和高親和力的適配體。這個(gè)方法也適應(yīng)于DNA適配體的篩選。基因測(cè)序技術(shù)的發(fā)展大大加速了適配體的發(fā)現(xiàn),而且這些適配體還可以進(jìn)一步進(jìn)行化學(xué)修飾,目前學(xué)術(shù)報(bào)道的用于治療和診斷的適配體超過(guò)1000個(gè)。

適配體作為藥物也有過(guò)榮光時(shí)刻,2004年FDA批準(zhǔn)了第一個(gè)適配體藥物Pegaptanib,靶向VEGFR,用于治療老年黃斑病變(AMD)??上А凹壬?何生瑜”,那時(shí)也正是單抗技術(shù)飛速發(fā)展的時(shí)代。FDA同年批準(zhǔn)了治療腫瘤的VEGFR單抗Avastin,處方外可以用來(lái)治療AMD,療效和安全性優(yōu)于Pegaptanib。2006年更優(yōu)的,治療AMD的Lucentis上市,Pegaptanib淘汰出局。隨后,F(xiàn)ovista(anti-PDGF)和Reg1(anti-FIXa)兩款臨床階段的適配體藥物相繼失敗,Reg1甚至造成了一個(gè)病人死亡(PEG過(guò)敏),適配體逐漸被工業(yè)界邊緣化。

理論上,適配體免疫原性小,易于合成,靶點(diǎn)范圍廣,甚至能夠結(jié)合活性細(xì)胞,也能靶向細(xì)胞內(nèi)的靶點(diǎn),還是有不少獨(dú)特的優(yōu)點(diǎn)。然而,隨著單抗技術(shù)的成熟,大公司已經(jīng)沒(méi)有興趣進(jìn)行大的投入。有意思的是,長(zhǎng)期研究適配體,從學(xué)術(shù)界轉(zhuǎn)行到工業(yè)界的科學(xué)家Matthew Levy于2018年發(fā)表綜述文章,從另一個(gè)角度審視了適配體領(lǐng)域衰退的原因(11)。

他認(rèn)為學(xué)術(shù)不端造成適配體研究結(jié)果不可重復(fù),是藥物臨床失敗和工業(yè)界放棄該領(lǐng)域的一個(gè)重要原因。Levy試驗(yàn)室用FCS技術(shù)重復(fù)了大量文獻(xiàn)報(bào)道的適配體分子,相當(dāng)一部分根本不可重復(fù)。聯(lián)系文章作者,經(jīng)常得到的回復(fù)是“你們?cè)囼?yàn)做得不對(duì)”。指望這種只在自己手里工作的分子將來(lái)變成一個(gè)藥物,Levy認(rèn)為是在愚弄自己。

Levy指出還有很多試驗(yàn)室專注于表型研究,而不愿意花時(shí)間驗(yàn)證適配體本身與靶點(diǎn)的結(jié)合是否可靠,而很多時(shí)候,觀察到的表型是其他原因造成的。更有甚者,為了發(fā)文章而罔顧科學(xué)事實(shí)。比如AS1411是一款結(jié)合腫瘤細(xì)胞表面抗原nucleolin的抗癌藥物。研究表明,AS1411雖然結(jié)合nucleolin,但是不能造成nucleolin內(nèi)吞,但是仍有大量通過(guò)AS1411/nucleolin遞送藥物進(jìn)入腫瘤細(xì)胞的文章發(fā)表。Levy呼吁,適配體是好的藥物分子,但研究領(lǐng)域需要改變,提高結(jié)果的可重復(fù)性,讓工業(yè)界重拾信心。中國(guó)科研誠(chéng)信問(wèn)題最近成為熱點(diǎn),Levy提到的這些教訓(xùn)尤為應(yīng)景,值得思考。

4)信使RNA(mRNA)藥物

1961年,在DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)發(fā)現(xiàn)8年之后,Brenner等人發(fā)現(xiàn)DNA和蛋白質(zhì)之間原來(lái)還有“中間人”,即mRNA(12)。沒(méi)有這個(gè)中間人,基因這個(gè)生命的藍(lán)圖除了一串化學(xué)符號(hào)之外什么都不是。mRNA的結(jié)構(gòu),功能和代謝立即成為研究的熱點(diǎn)。

1990年,威斯康辛大學(xué)科學(xué)家首次證明,在動(dòng)物上直接注射體外轉(zhuǎn)錄的mRNA可以表達(dá)蛋白(13)。1992年,美國(guó)Scripps研究所的一項(xiàng)工作展現(xiàn)了mRNA治療疾病的潛力,他們通過(guò)腦內(nèi)注射Vasopressin mRNA,成功緩解了大鼠的尿崩癥(14)??上?,在隨后的20年內(nèi),這是唯一的,mRNA作為蛋白替代療法的嘗試。主要是由于mRNA穩(wěn)定性和免疫原性問(wèn)題,人們把注意力更多地放在體外穩(wěn)定的plasmid DNA上。然而,人們逐漸發(fā)現(xiàn)DNA作為藥物,問(wèn)題也很多。比如,藥物需要入核,還容易造成基因插入突變等。隨著化學(xué)改造和藥物傳遞技術(shù)的發(fā)展,RNA藥物的穩(wěn)定性和免疫原性逐漸得到克服(15),mRNA作為藥物的優(yōu)點(diǎn)和潛力慢慢展現(xiàn)。

首先,mRNA雖然是核酸分子,但與DNA不一樣,他們的作用是暫時(shí)的,完成工作后即被降解,造成基因突變的風(fēng)險(xiǎn)很??;

第二,一旦靶點(diǎn)確定,mRNA藥物的發(fā)現(xiàn)和設(shè)計(jì)幾乎是程序化的,無(wú)需費(fèi)時(shí)費(fèi)力;

第三,堿基及其類似物,RNA合成酶和固相合成設(shè)備的商業(yè)化讓mRNA的合成變得簡(jiǎn)便。生產(chǎn)成本也大為下降。有專家估計(jì),在當(dāng)前的技術(shù)水平下,mRNA藥物的生產(chǎn)成本是單抗的十分之一左右。這些特點(diǎn)讓mRNA的研發(fā)和生產(chǎn)的速度大大加快。2013年,中國(guó)爆發(fā)禽流感,中國(guó)疾控中心公開(kāi)病毒基因序列后第8天,諾華疫苗部門(mén)就完成了一個(gè)mRNA疫苗的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證,創(chuàng)造了一個(gè)目前還無(wú)人打破的紀(jì)錄(16)。這種速度完全可以與病毒變異保持同步,有望徹底解決棘手的耐藥問(wèn)題。

第四,一個(gè)mRNA藥物可以同時(shí)表達(dá)多種蛋白,這為多價(jià)疫苗,比如腫瘤個(gè)性化疫苗,以及多蛋白聯(lián)合用藥提供了獨(dú)特的便利性。這個(gè)特點(diǎn)甚至可以用來(lái)設(shè)計(jì)自我復(fù)制的mRNA藥物組合,也就是靶點(diǎn)mRNA加全套復(fù)制蛋白的mRNA。受制于遞送效率, mRNA分子只有極少(0.01%)能成功進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)并表達(dá)蛋白,因此需要大劑量給藥,帶來(lái)副作用。藥物自我復(fù)制的功能有望幫助降低給藥劑量。

第五,ex-vivo細(xì)胞治療的應(yīng)用。電轉(zhuǎn)等技術(shù)使得體外遞送mRNA進(jìn)入細(xì)胞變得十分便利。將靶細(xì)胞經(jīng)體外導(dǎo)入mRNA操作后,再回輸病人體內(nèi),可以避開(kāi)直接給藥的困難。還可以利用mRNA重編程,體外產(chǎn)生用于治療的iPSC干細(xì)胞。最后,只要遞送技術(shù)允許,mRNA幾乎可以在任何組織或細(xì)胞,表達(dá)任何蛋白,包括基因編輯工具TALEN和Cas9等。這樣CRISPR-Cas9就可以變成一種真正意義上的RNA藥物組合,包括sgRNA和Cas9mRNA。

mRNA藥物理論上可以覆蓋包括單抗,細(xì)胞治療和基因編輯在內(nèi)的所有當(dāng)前最熱門(mén)的新技術(shù)。有這樣的故事,就不難理解為什么2010年成立的,聚焦mRNA技術(shù)的Moderna會(huì)成為Biotech歷史上最大的IPO。截止今年4月份,Moderna累計(jì)募資19億美元,估值已超過(guò)50億美元。對(duì)于這樣一個(gè)沒(méi)有任何臨床數(shù)據(jù)出來(lái)biotech,投資者的厚愛(ài)讓人瞠目結(jié)舌。

表4. Moderna的管線(摘自公司官網(wǎng))

但是世界上恐怕沒(méi)有比生物科技翻臉更快的了,從高峰到低谷,有時(shí)就在一夜之間,只需一個(gè)病人的意外死亡。mRNA技術(shù)目前還處于非常早期。分子量大,以及蛋白翻譯機(jī)器對(duì)于去免疫原性和增加穩(wěn)定性所必須的化學(xué)改造容忍度低等原因,讓mRNA藥物的發(fā)展滯后于小核酸藥物ASO和siRNA。

mRNA領(lǐng)域發(fā)展得比較順利的還是疫苗的開(kāi)發(fā),這有幾個(gè)原因:1)疫苗所要求的蛋白表達(dá)量比較低;2)mRNA的免疫反應(yīng)一定程度度上有利于疫苗的效果;3)抗原遞呈的DC細(xì)胞天生善于吸收各種外來(lái)分子,有利于藥物的吸收;4)ex-vivo免疫細(xì)胞治療積累的經(jīng)驗(yàn)比較多。蛋白替代療法發(fā)展就相對(duì)難一些。除了前面提到的遞送和免疫等因素外,還要一個(gè)很重要的原因就是很多蛋白只有正確的折疊,切割,修飾和分泌后才能發(fā)揮正常的功能,而這些轉(zhuǎn)錄后的調(diào)節(jié),有時(shí)是組織或者細(xì)胞類型依賴的。也就是mRNA需要正確地遞送到特定的組織或細(xì)胞里,目前的技術(shù)水平還很難達(dá)到。另外,治療蛋白的表達(dá)量要求高,這意味著大劑量給藥,制劑輔料以及化學(xué)改造后非天然核酸的副作用難以克服。還要,mRNA本身不是治療分子,需要體內(nèi)“生產(chǎn)”蛋白后起作用,其藥代動(dòng)力學(xué)比單抗類蛋白藥物更加復(fù)雜,個(gè)體差異更大,難以控制(17)。

推動(dòng)RNA藥物發(fā)展的關(guān)鍵技術(shù)

RNA藥物的潛力巨大,但要進(jìn)入體內(nèi)卻要面臨進(jìn)化了數(shù)億年,大自然設(shè)計(jì)的防火墻:1)核酸的分子量和負(fù)電荷讓其不能自由通過(guò)生物膜;2)RNA容易被血漿和組織中RNase酶降解,被肝臟和腎臟快速清除和被免疫系統(tǒng)識(shí)別;3)進(jìn)入細(xì)胞后“卡”在內(nèi)吞小體中無(wú)法發(fā)揮功能。

所以半個(gè)世紀(jì)以來(lái),RNA藥物發(fā)展面臨的技術(shù)障礙一直沒(méi)有變,那就是藥物遞送。解決遞送有兩個(gè)思路,一個(gè)是改造核酸分子,讓其穩(wěn)定并躲避免疫系統(tǒng)的識(shí)別;另外一個(gè)就是利用藥物傳輸系統(tǒng),比如說(shuō)脂質(zhì)納米顆粒(LNP)和GalNAc偶聯(lián)技術(shù)。

1)核酸分子的化學(xué)改造(Chemical Modification)

如圖1所示,核酸分子的化學(xué)改造按部位分三類:堿基,糖環(huán)和連接基團(tuán)磷酸的改造。改造的核酸分子需要考慮多方面的性質(zhì),主要包括穩(wěn)定性,藥代性質(zhì),堿基配位親和力,避開(kāi)免疫系統(tǒng)但確保能夠被功能酶所識(shí)別,因?yàn)锳SO, siRNA和mRNA等藥物都需要在各種酶(RNase, Ago2 and RNA Polymerase)的作用下才能發(fā)揮作用。到目前為止,最具突破性的改造是磷酸連接基團(tuán)中的一個(gè)氧(PO)換成硫(PS)和糖環(huán)2位修飾。

德國(guó)Max-Planck研究所的科學(xué)家在1966年第一次合成報(bào)道了PS核酸分子,并意外發(fā)現(xiàn)一個(gè)原子的改變使得核酸分子可以抵抗酶的降解(18)。雖然穩(wěn)定性也很重要,但PS對(duì)核酸藥物最大影響其實(shí)是因?yàn)榱蛟拥氖杷栽黾恿怂幬锏难獫{蛋白結(jié)合,從而大大改善了核酸的藥代動(dòng)力學(xué)性質(zhì)。50多年過(guò)去了,雖然有大量的其他嘗試,但PS仍然是核酸藥物中最常用的磷酸連接基團(tuán)。

PS提高了穩(wěn)定性,但卻降低了核酸分子堿基配位的親和力。因?yàn)檫@個(gè)原因,第一代ASO藥物需要大劑量反復(fù)給藥,缺點(diǎn)明顯,其他改造變得非常必要。這次,老天爺給了些提示。我們知道,RNA分子中糖環(huán)的2位是羥基(OH),而DNA的2位沒(méi)有取代基。早在50年代,人們就發(fā)現(xiàn)在自然界存在微量的2位是甲氧基(OCH3)的核酸分子。這提示2位可能可以耐受化學(xué)改造。

過(guò)去30年,Ionis的化學(xué)家在2位改造做了大量工作,為核酸藥物的發(fā)展做出了不可磨滅的貢獻(xiàn)。目前,核酸藥物中2位最常見(jiàn)取代包括OCH3,F(xiàn)和MOE,其中MOE表現(xiàn)最為突出。糖環(huán)的改造還包括構(gòu)象鎖定類似物(locked nuclearacids, LNA)和嗎啉酰胺(PMO)等。這些改造提高了核酸分子的穩(wěn)定性和親和力,并可以維持酶識(shí)別所需的C3‘-endo構(gòu)象,以及RNA干擾中RISC識(shí)別所需的A-form雙螺旋結(jié)構(gòu)。

核酸藥物對(duì)堿基的改造耐受性較差。ASO和siRNA藥物中常見(jiàn)的改造有胞嘧啶的甲基化(5-methylcytosine)。mRNA藥物中的嘗試相對(duì)多一些,包括peudouridine,2-thiouridine, N6-methyladenosine以及各種堿基的5位甲基化。另外,mRNA轉(zhuǎn)錄需要5‘-capping,化學(xué)改造的cap類似物常用來(lái)提高蛋白的轉(zhuǎn)錄水平。

RNA藥物是多個(gè)核酸分子組成的高分子,各種改造的數(shù)量和組合對(duì)分子的成藥性影響很大,比如一般認(rèn)為需要14個(gè)PS才能保證足夠的血漿蛋白結(jié)合。某個(gè)特定修飾可能造成酶識(shí)別能力的丟失。因此在藥物設(shè)計(jì)中,需要反復(fù)設(shè)計(jì)測(cè)試最合理的組合。有時(shí)還需保持一段天然的系列,比如ASO藥物中被RNase識(shí)別的Gapmer。核酸分子的單體改造與小分子藥物不同,如上所述,只有有限的改造空間,而且專利早已過(guò)期。因此不同改造的組合,對(duì)于IP的產(chǎn)生很重要,這對(duì)藥物開(kāi)發(fā)至關(guān)重要。

圖1:核酸分子的化學(xué)改造

2)核酸藥物的遞送技術(shù)(Delivery Tech)

早期核酸的遞送主要是病毒載體,以及dextran等非病毒高分子材料。第一代載體的低效和免疫原性等缺點(diǎn)大大限制了核酸藥物的發(fā)展。

1987年,F(xiàn)elgner等發(fā)現(xiàn)帶正電荷的脂類分子如DOTMA形成的脂質(zhì)納米顆粒(lipid nanoparticle, LNP)能夠高效地轉(zhuǎn)染DNA,效率是dextran的5-100倍,被命名為“l(fā)ipofection”。隨后,通過(guò)添加輔助的其他類脂物質(zhì)如DOPE,得到進(jìn)一步改善的“l(fā)ipoplexes”。

然而,這些早期的陽(yáng)離子LNP在體內(nèi)的應(yīng)用仍然受到很大限制,比如容易被巨噬細(xì)胞清除和產(chǎn)生有害的ROS等。為了解決這些問(wèn)題,“可離子化“LNP的概念被提出。這些脂質(zhì)分子在體內(nèi)保持中性,從而避免被清除和帶來(lái)副作用,當(dāng)進(jìn)入強(qiáng)酸性環(huán)境如內(nèi)吞體,即可以質(zhì)子化形成陽(yáng)離子從而與內(nèi)源的陰離子脂質(zhì)結(jié)合提高跨膜效率。經(jīng)過(guò)篩選,DODAP,DODMA,MC3等一系列可離子化LNPs被開(kāi)發(fā),從而真正解決了核酸藥物的臨床應(yīng)用障礙(圖2)。前面提到的第一個(gè)上市siRNA藥物Patisiran就是使用的MC3-LNP技術(shù)。

“可離子化”LNP雖然大大促進(jìn)了核酸藥物的發(fā)展,但仍然不盡人意。納米顆粒的體積比較大,一般需要靜脈注射,只能有效進(jìn)入肝臟,脾臟和腫瘤等空隙較大的組織。另外,LNP的過(guò)敏反應(yīng)也比較嚴(yán)重,在注射之前需要使用抗組胺和激素藥物控制。這些缺點(diǎn)讓LNP藥物只適用于罕見(jiàn)病和癌癥等嚴(yán)重疾病。

近年來(lái),ADC等偶聯(lián)靶向技術(shù)在藥物傳輸中得到廣泛應(yīng)用。核酸藥物中最先嘗試的是脂質(zhì)偶聯(lián)(lipidconjugation),比較常見(jiàn)的是與膽固醇偶聯(lián)。脂質(zhì)偶聯(lián)的RNA能夠形成類似于低密度脂蛋白(LDL)的聚合物,不但延長(zhǎng)了循環(huán)時(shí)間,而且能與LDL受體或者其他受體結(jié)合,通過(guò)內(nèi)吞進(jìn)入細(xì)胞。由于LDL受體在肝臟中高表達(dá),脂質(zhì)偶聯(lián)藥物系統(tǒng)給藥也主要是靶向肝臟,但如局部注射,也能進(jìn)入皮膚,眼睛和大腦等組織。

讓人意外的是,通過(guò)偶聯(lián)技術(shù),RNA藥物進(jìn)入細(xì)胞后經(jīng)常沒(méi)有功能。研究發(fā)現(xiàn),主要是因?yàn)镽NA分子通過(guò)內(nèi)吞進(jìn)入細(xì)胞后,被“卡”在內(nèi)吞小體內(nèi),只有約0.01%的分子能夠逃逸進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)發(fā)揮功能。因此,內(nèi)吞小體逃逸(endosome escape)成為偶聯(lián)給藥的限速步驟。為了解決這個(gè)問(wèn)題,Arrowhead的科學(xué)家做了一個(gè)非常有意思的嘗試。他們?cè)谶f送抗乙肝RNAi偶聯(lián)藥物時(shí),同時(shí)給予一種從蜜蜂毒素中分離的,可以裂解內(nèi)吞體膜的多肽melittin,大大提高了RNA分子逃逸的比例。十分遺憾,可能是內(nèi)吞體的正常功能受到影響,melittin也帶來(lái)了不可耐受的毒性,Arrowhead停止了三個(gè)乙肝項(xiàng)目的臨床開(kāi)發(fā)。

RNA偶聯(lián)藥物似乎走進(jìn)了死胡同。然而,天無(wú)絕人之路,一項(xiàng)叫做”GalNAc“的技術(shù)橫空出世,不但挽救了偶聯(lián)技術(shù),還成為RNA藥物王者歸來(lái)的真正推手。雖然僅限于肝臟靶點(diǎn),但GalNAc技術(shù)的優(yōu)勢(shì)顯露無(wú)遺:1)只需2-5mg/kg劑量;2)皮下給藥;3)一次給藥持續(xù)6個(gè)月以上;4)制劑簡(jiǎn)單穩(wěn)定性好。諾華97億美元收購(gòu)的降脂藥物Inclisiran就是使用的GalNAc技術(shù),安全性和便利性甚至超越了口服小分子。

神奇的發(fā)現(xiàn)一般源于意外,GalNAc也不例外。1965年,美國(guó)NIH的教授Gilbert Ashwell來(lái)到紐約哥倫比亞大學(xué)進(jìn)修。閑暇之時(shí)經(jīng)常去拜訪他的好朋友,在Albert Einstein醫(yī)學(xué)院做研究的Anatol Morell教授。Morell當(dāng)時(shí)正在研究糖蛋白ceruloplasmin的代謝,但苦于沒(méi)有辦法測(cè)試它的半衰期。做多糖出身的Ashwell建議他用酶剪切水楊酸后,用放射性元素標(biāo)記糖蛋白末端的乳糖(Glactose)。他們發(fā)現(xiàn)這種放射性物質(zhì)注射到兔子體內(nèi),5分鐘就從血漿中消失了,幾乎100%聚集在肝臟中(20)。

從這開(kāi)始,他們發(fā)現(xiàn)肝臟中存在一種識(shí)別乳糖的受體,最后鑒定為哺乳動(dòng)物中的第一個(gè)凝集素蛋白Lectin,并被命名為Ashwell-Morell受體(AMR)。糖蛋白或者表達(dá)糖蛋白的細(xì)胞暴露末端乳糖即會(huì)被AMR回收進(jìn)入肝臟。每個(gè)肝細(xì)胞所含AMR超過(guò)50萬(wàn)個(gè),這些受體結(jié)合乳糖及其類似物后內(nèi)吞,內(nèi)吞體中的酸性環(huán)境讓其釋放貨物并recycle至細(xì)胞表面,這個(gè)過(guò)程大約只需15分鐘。

早在1971年,AMR就被聰明的科學(xué)家利用進(jìn)行靶向肝臟的藥物傳輸(21)。隨后,各種乳糖類似物包括親合力最強(qiáng)的GalNAc被發(fā)現(xiàn)可以與AMR結(jié)合,并可以用做偶聯(lián)載體,遞送包括小分子,多肽,蛋白和核酸之內(nèi)的各種藥物進(jìn)入肝臟。1995年,GalNAc被發(fā)現(xiàn)可以有效遞送核酸分子(22)。GalNAc的數(shù)量,linker及連接方式對(duì)遞送效率的影響得到了廣泛的研究。2015年,Alnylam科學(xué)家證明GalNAc-siRNA偶聯(lián)藥物可以在小鼠和猴子中抑制抗凝血酶的表達(dá),顯示了治療血友病的潛力(23)。

圖2:核酸藥物的遞送技術(shù)

雖然有扎實(shí)的基礎(chǔ)研究,GalNAc-RNA藥物的臨床研究并不是一帆風(fēng)順,差點(diǎn)胎死腹中。Alnylam的第一個(gè)GalNAc-siRNA臨床候選藥物Revusiran,靶向hTT基因,用于治療退行性疾病ATTR。Revusiran二期臨床12個(gè)月降低血漿TTR水平達(dá)90%,卻不明原因增加病人的死亡率,導(dǎo)致2016年試驗(yàn)中止。

分析發(fā)現(xiàn),死亡原因可能是這款RNA藥物的穩(wěn)定性不夠,需要大劑量給藥,而經(jīng)化學(xué)改造的非天然核酸分子大劑量下可能帶來(lái)毒性。Alnylam隨后推出了更加穩(wěn)定的所謂“ESC“化學(xué)骨架(包含2’-OMe/F;PS),成功地解決了這個(gè)問(wèn)題。第二代anti-TTR產(chǎn)品一年的用量只需100mg, 而第一代Revusiran需要28g,劑量降低了280倍,療效和安全性大為改善。

最近幾年,基于GalNAc的技術(shù)平臺(tái)層出不窮,比如Alnylam的ESC,Dicerna的GalXC和Arrowhead的TRiM等。GalNAc-RNA藥物已迎來(lái)蓬勃發(fā)展的時(shí)期,至少9個(gè)GalNAc-ASO產(chǎn)品處于臨床階段(表5);GalNAc-siRNA發(fā)展更為迅速,僅三家公司Alnylam,Dicerna,和Arrowhead產(chǎn)品線即包括一個(gè)上市產(chǎn)品(Givosiran),2個(gè)三期,4個(gè)二期和7個(gè)一期產(chǎn)品(表6)。

表5:GalNAc-ASO藥物

表6:GalNAc-siRNA藥物

RNA藥物的未來(lái)發(fā)展方向

RNA藥物近年來(lái)獲得了長(zhǎng)足的進(jìn)步,已有7個(gè)ASOs,2個(gè)siRNA和1個(gè)Aptamar上市,超過(guò)50個(gè)處于臨床的各個(gè)階段。Inclisiran明年可能上市,成為第一個(gè)進(jìn)入慢病市場(chǎng)的RNAi藥物。取得這樣的成績(jī)是過(guò)去50年化學(xué),生物和遞送技術(shù)積累的結(jié)果。未來(lái)發(fā)展方向,可以分為科技和商業(yè)二個(gè)方面??萍嫉闹攸c(diǎn)是如何突破肝臟以外的靶器官,這其中的關(guān)鍵是破解內(nèi)吞體逃逸(endosome escape)的機(jī)制,而商業(yè)上最大的看點(diǎn)是RNA藥物能否帶來(lái)真正的“單病人”時(shí)代。

1)RNA藥物科技的發(fā)展方向

RNA藥物發(fā)展的一個(gè)最大障礙是靶點(diǎn)局限在肝臟。雖然通過(guò)局部注射,在眼睛和中樞神經(jīng)等其他組織也有成功案例,但療效和安全性都不盡如人意。繼續(xù)改造核酸分子的化學(xué)骨架,以及優(yōu)化核酸系列的排列組合,針對(duì)不同靶點(diǎn)選擇合適的鏈結(jié)構(gòu),顯然是持續(xù)努力的方向,但改善的空間十分有限。

突破肝臟局限最大的希望還在于遞送技術(shù)的發(fā)展,包括改善LNP的設(shè)計(jì)和結(jié)構(gòu),國(guó)內(nèi)mRNA領(lǐng)先企業(yè)斯微生物的Core-Shell雙層遞送系統(tǒng)就是一個(gè)很好的例子。但終極解決這個(gè)問(wèn)題的關(guān)鍵可能在于破解內(nèi)吞體逃逸的機(jī)制。

前面提到,內(nèi)吞體逃逸是RNA藥物發(fā)揮作用的最后一道坎。如果能夠提高目前0.01%逃逸率的一個(gè)百分點(diǎn),藥物劑量即可大大降低,很多當(dāng)前困擾RNA藥物的問(wèn)題可以迎刃而解,比如制劑和非天然核酸的副作用,免疫反應(yīng)等。GalNAc偶聯(lián)技術(shù)就是一個(gè)例子。GalNAc在RNA藥物上獲得巨大成功,除了肝靶向外還大大提高了RNA的逃逸率。不幸的是,我們并不知到為什么。有人猜測(cè)是其受體AMR快速 recycle需要高頻率打開(kāi)內(nèi)吞體膜,給了RNA分子逃逸的機(jī)會(huì)。在不知道機(jī)制的情況下,GalNAc就只能是一個(gè)意外,它的成功不可復(fù)制。因此,理解生物膜的結(jié)構(gòu)和調(diào)控規(guī)律,破解內(nèi)吞體逃逸機(jī)制是促進(jìn)RNA藥物發(fā)展亟待解決的科學(xué)難題。

當(dāng)然,發(fā)現(xiàn)更多肝臟高表達(dá),疾病相關(guān)的靶點(diǎn),短期里也許更切合實(shí)際。乙肝和NASH等肝病重癥顯然是優(yōu)先發(fā)展的領(lǐng)域。深入理解RNA的生物學(xué)也是推動(dòng)領(lǐng)域發(fā)展的關(guān)鍵因素,這些RNA既可以是靶點(diǎn)比如致病miRNA和lncRNA等,也可以是藥物本身。

另外,促進(jìn)蛋白表達(dá)的,非mRNA藥物發(fā)展相對(duì)滯后,比如ASO,以及華人科學(xué)家李龍承教授發(fā)現(xiàn)的RNAa等(24)。外源性mRNA有其局限性,比如有時(shí)不能被正確折疊和修飾,因此提高內(nèi)源蛋白表達(dá)的RNA“激動(dòng)劑”有獨(dú)特的價(jià)值。第一個(gè)RNAa藥物已進(jìn)入臨床研究,通過(guò)上調(diào)轉(zhuǎn)錄因子CEBPA治療肝癌。相信,隨著遞送技術(shù)的完善,該類藥物還有很大的提升空間。

最后,拓展RNA藥物的應(yīng)用范圍?;蚓庉嫻ぞ逤RISPR-Cas9的核心部件是sgRNA,Rarkau等2019年報(bào)道了一種靶向sgRNA的核酸藥物,可以抑制CRISPR-Cas9的功能,將來(lái)也許可以用作基因編輯的解毒劑(25)。

2)RNA藥物帶來(lái)“單病人”時(shí)代

今年2月份,52歲的美國(guó)黑色素瘤晚期病人Brad Kremer遇到了一個(gè)“要命”的麻煩。他的一個(gè)從德國(guó)來(lái)的包裹被扣在海關(guān),里面是生物科技公司Bio NTech為他量身定做的腫瘤個(gè)性化疫苗BNT122。好事多磨,三個(gè)禮拜后他收到包裹并注射了疫苗,隨后早已擴(kuò)散的腫瘤在他身上慢慢消失了。腫瘤個(gè)性化疫苗已經(jīng)帶有“單病人”的特點(diǎn),因?yàn)檫@些疫苗是根據(jù)病人所特有的腫瘤新生抗原所設(shè)計(jì)的mRNA,每個(gè)病人的藥物獨(dú)一無(wú)二。

“單病人”這個(gè)概念是今年10月份新英格蘭雜志報(bào)道Mila的案例后,F(xiàn)DA兩位主任Dr.Woodcock和Dr.Marks在同期雜志上發(fā)表評(píng)論時(shí)提出來(lái)的(26)。

2017年,6歲的小女孩Mila被診斷患有罕見(jiàn)疾病“Batten’ disease”,是由于基因MFSD8插入SVA變異造成的。如果沒(méi)有治療,女孩很快將會(huì)因?yàn)榇竽X退化而死。波士頓兒童醫(yī)院的Dr.Tiothy Yu為她設(shè)計(jì)了一款靶向SVA的反義核酸藥物,取名”Milasen”,并委托CRO公司完成了定制合成。

通過(guò)與FDA的反復(fù)溝通,F(xiàn)DA第一次批準(zhǔn)了為單個(gè)病人研發(fā)的藥物進(jìn)入臨床研究。Mila注射“Milasen”后,癥狀得到了控制。FDA兩位高管提出了一系列“單病人”時(shí)代所面臨的監(jiān)管挑戰(zhàn),比如有效的客觀性,安全性的最低要求,批準(zhǔn)臨床需要什么證據(jù),緊迫性對(duì)監(jiān)管做決定的影響,產(chǎn)品特征的要求,劑量和用藥方案,持續(xù)生產(chǎn)的問(wèn)題,以及其他倫理和社會(huì)問(wèn)題。

但一旦開(kāi)了先河,就很難停止。在病人家屬的強(qiáng)烈要求下,Dr.Yu目前正在計(jì)劃為一名患有Ataxia telangiectasia的嬰兒開(kāi)發(fā)反義核酸藥物。

Mila(right),from Science

“單病人”是個(gè)性化藥物,或者說(shuō)是精準(zhǔn)醫(yī)療的極致,這個(gè)時(shí)代的開(kāi)啟顯然是因?yàn)楹怂崴幬锏募夹g(shù)發(fā)展所推動(dòng)的。當(dāng)前技術(shù)水平條件下,siRNA藥物的一年用藥量可以降到100mg以下,給藥頻率每年二次。mRNA和ASO等藥物的設(shè)計(jì)在計(jì)算機(jī)輔助下,幾乎是分分鐘的事情。委托CRO公司生產(chǎn)十分便利,費(fèi)用也不高。稍微麻煩一點(diǎn)的是制劑的研發(fā)和藥物的優(yōu)化測(cè)試。隨著技術(shù)的發(fā)展,這些環(huán)節(jié)也極有可能模塊化。

大數(shù)據(jù),基因測(cè)序,人工智能和3D打印技術(shù)必將進(jìn)一步推動(dòng)核酸藥物和“單病人”時(shí)代的發(fā)展。試想一下,將來(lái)的一天,你感到不舒服,智能手機(jī)抽取一滴血,分析發(fā)現(xiàn)你的某個(gè)基因或者蛋白不妥,指令發(fā)給一臺(tái)藥物設(shè)計(jì),合成和組裝一體化的3D打印設(shè)備,1個(gè)小時(shí)后你就拿到了你自己的藥物,用藥后疾病一次治愈,終身不再發(fā)作。如果不是人體生物這個(gè)黑洞,這個(gè)夢(mèng)想從藥物技術(shù)上看并不遙遠(yuǎn)。

結(jié)語(yǔ)

幾十億年前,是核酸分子孕育了生命。今天,人類面臨諸多重大疾病的威脅,解鈴還須系鈴人,基因治療和RNA藥物的發(fā)展,從深層次上顯得非常自然和諧。

下個(gè)十年,核酸藥物有望成為繼小分子和單抗之后的第三大類型藥物,中國(guó)有沒(méi)有機(jī)會(huì),就看我們的科研,監(jiān)管,資本,和市場(chǎng)能不能形成一個(gè)創(chuàng)新生態(tài)。在這個(gè)生態(tài)下,像Ionis和Alnylam這樣的公司,30年如一日,可以屢敗屢戰(zhàn),經(jīng)歷幾起幾落,最后王者歸來(lái)。

中國(guó)創(chuàng)新藥面臨所謂的醫(yī)保懸崖,有人說(shuō)me-too新藥難做了,急需轉(zhuǎn)向原始創(chuàng)新和原創(chuàng)技術(shù)。大方向沒(méi)有錯(cuò),但從RNA藥物的發(fā)展歷程來(lái)看,原創(chuàng)更難,風(fēng)險(xiǎn)很大。如果,我們不能接受或者無(wú)法承受失敗,不要輕言從跟隨向原創(chuàng)的轉(zhuǎn)型。

作者/謝雨禮博士

編輯/同寫(xiě)意@Jingyu

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參考文獻(xiàn):

1)BioDrugs, Nov 28th2019

2)Gilbert, W. Nature319, 618 (1986)

3)Zamecnik andStephenon. PNAS, 1978, 75, 285

本文轉(zhuǎn)自“同寫(xiě)意”。


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